目前，復合肥干燥設備可以通過三種不同的干燥方式來進行工作，一種是機械脫水法，就是通過對物料加壓的方式將其中一部分水分擠出。具體包括有壓榨、沉降、過濾、離心分離等方法。

    但當復合肥干燥設備采用機械脫水法的時候，只能除去物料中部分自由水分，結合水分仍殘留在物料中，因此物料經機械脫水后物料含水率仍然很高，一般為40～60％，但它的經濟性是有目共睹的。

    還有一種是加熱干燥法，它利用熱能加熱物料，氣化物料中的水分。在復合肥干燥設備中，通常是利用空氣來干燥物料，空氣預先被加熱送入干燥器，將熱量傳遞給物料，氣化物料中的水分形成水蒸汽，并隨空氣帶出干燥器。物料經過加熱干燥后能夠除去物料中的結合水分，達到產品或原料所要求的含水率。

    復合肥干燥設備的另一種干燥方法是化學除濕法，利用吸濕劑除去氣體、液體、固體物料中的少量水分，由于吸濕劑的除濕能力有限，僅用于除去物料中的微量水分，因此生產中應用很少。