通過有機肥設備生產有機肥的過程中，臭氣主要產生于發酵的初階段，由于易分解有機物質的快速降解消耗大量氧氣，從而造成局部缺氧而產生小分子有機物質和硫化氫等，引發臭氣。

     對此可以通過調節材料的通氣性、增加通風量和添加吸附材料等方式在一定程度上抑制臭氣的產生。但是，由于有機肥設備中的發酵材料數量大、臭氣產生集中和場地相對封閉等原因，致使發酵場地內臭氣濃度極高，所以還是必須設置臭氣收集和處理裝置。

     在安裝有機肥設備的時候，在適合的位置裝上適當規模的除臭裝置，通過水洗法、化處理法、燃燒法、吸附法、空氣稀釋法、掩蔽法、臭氧氧化法、等離子體以及生物除臭法等方式有效的去除臭氣，防止空氣污染。

     目前，有機肥設備中用的較多的就是生物除臭法，就是在生物的作用下通過生物化學反應來分解、轉化臭氣成分，以達到除臭目的。它的優點與運轉成本低、節省能源與資源和易于維護等，可以促進有機肥設備的正常運轉。