有機肥生產設備雖然常用，但是關于它的工產工藝大多數人并不是有很多了解，比如在處理堆肥方面。既然有機肥生產設備是一個專業性很強的產品，因此工藝過程也都是非常嚴格的。

有機肥生產設備處理堆肥的首要步驟是前處理，就是將要處理的垃圾、糞便、污泥等按要求調整水分和碳氮比，必要時添加菌種和酶。這也是為了一次發酵做準備，有機肥生產設備進行發酵時首先是分解易分解的有機物糖類等降解，微生物將細胞中吸收的營養物質分解，同時產生熱量使堆肥溫度上升。

完成之后，有機肥生產設備將開始二次發酵，主要是對在一次發酵中難降解的有機物進行全部降解，使其變為腐殖質、氨基酸等較穩定的有機物，得到完全成熟的堆肥產品。

還需要利用有機肥生產設備對堆肥產品進行后處理，以為在前處理中尚未完全除去的玻璃、金屬、塑料、小石塊等，還要通過這道工序分選取出。有些堆肥工藝結束后會有臭味，因此有機肥生產設備還要予以脫臭處理。

由于堆肥一般在春秋兩季使用，暫時不能用上的堆肥要妥善貯存，常規的方式是將其裝入袋中，干燥、通風保存。一般來說還是建議把有機肥做成顆粒肥出售，提高其價值。